S.S. Lazio

Từ nhỏ Nesta đã thể hiện được khả chơi bóng của mình, anh đã từng được Rocca (HLV U17 Ý, đồng thời là người săn lùng tài năng trẻ của A.S. Roma lúc đó) phát hiện, nhưng cha của anh -1 fan của Lazio- đã không đồng ý cho con của mình gia nhập đội bóng kình địch.

Năm 1985, Nesta gia nhập học viện bóng đá Lazio, trong khoảng thời gian này anh được thử nghiệm ở nhiều vị trí như: tiền đạo, tiền vệ, nhưng cuối cùng anh lại trở thành một trung vệ, đó có thể là một điều may mắn cho bóng đá thế giới, nếu không chúng ta chúng ta sẽ không biết đến anh, một trong những trung vệ hay nhất thế giới.

Năm 1993, Nesta được đôn lên đội hình 1 của Lazio. Với lối đá chắc chắn, kèm người chặt chẽ, truy cản bóng thông minh, Nesta là chỗ dựa vững chắc cho mọi hàng thủ của mọi đội bóng, từ năm 1997 trở đi anh là một thành viên không thể thiếu của Lazio, và là một trụ cột của đội bóng này khi giúp họ đăng quang Coppa Italia sau khi đánh bại Milan trong trận chung kết (trong trân này Nesta đã đóng góp 1 bàn thắng), năm 1998 lại đoạt Coppa Italia rồi Supercoppa Italiana. Trong hai năm liên tiếp la 1999 và 2000, cùng với các đồng đội của mình như Pavel Nedvěd, Dejan Stanković, Diego Simeone, Roberto Mancini, Juan Sebastián Verón, Siniša Mihajlović, Simone Inzaghi, anh đã giúp Lazio viết lên một trong những trang sử hào hùng của CLB khi liên tục đoạt được những danh hiệu cao quý: UEFA European Super Cup (1999), Scudetto, Coppa Italia, Supercoppa Italiana (2000).

A.C. Milan

Năm 2002, sau những gì đã thể hiện được với Lazio, Nesta đã được đưa về sân San Siro, và không phụ lòng mong đợi của các Milanista, Nesta cùng với Maldini, Jaap Stam, Costacurta tạo thành một hàng hậu vệ hay nhất Châu Âu và giúp Milan giành được: Coppa Italia, Champions League, European Super Cup (2003), Scudetto (2004) và vô địch Champions League năm 2007.